иллюстративное фото

Биоинформатики проанализировали геномы больше двухсот вирусов, выделенных из российских больных, и по обнаруженным мутациям восстановили историю их появления в России. 

Как и предполагалось, заносов было несколько – и, что характерно, результативными оказались те, что не из Китая  - Россия все же больше Европа, чем Азия, по крайней мере, по части связей.

Это и в других странах так. То есть "рокового путешественника" нигде не было, вирус регулярно просачивался до тех пор, пока не перекрыли границы. Руководитель исследования Егор Базыкин объясняет, что еще они выяснили.

"Коронавирус довольно быстро изменяется: в его геноме случается примерно одна мутация за две недели. Большинство этих мутаций практически не изменяют свойства вируса. Зато их можно использовать, чтобы разобраться, кто, кого, когда и где заразил.

В работе мы делаем ровно это. Глядя на геномы 211 вирусов, выделенных из российских пациентов в марте-апреле, мы разбираемся, как начиналась эпидемия в России.

Часть наших результатов подтверждают то, что в сущности было известно и раньше по негенетическим данным; часть результатов для меня была неожиданной.

1. Вирус был завезен в Россию многократно. По нашей оценке, эти 211 вирусных геномов были результатом 67 независимых завозов. Часть из них, возможно, были «перехвачены» на границе или вскоре после. Но как минимум 9 завозов привели к собственным российским вариантам (кладам) вируса, которые цикрулируют только здесь. Я практически уверен, что оба эти числа занижены и что реально завозов было гораздо больше; мы это увидим по мере того, как будем больше секвенировать.

2. Вирус был завезен в Россию поздно. Большинство людей, привезших в Россию коронавирус, приехали сюда в конце февраля-начале марта. Никаких следов более раннего происхождения каких-либо из линий в России нет.

3. Во многих случаях мы можем сказать, откуда был привезен тот или иной вариант вируса, точно. Когда есть прямые данные о поездках, это подтверждается. Житель Чечни съездил на хадж в Мекку – и привезенный им вирус кластеризуется с вирусами из Саудовской Аравии. Топ-менеджеры ЯТЭК слетали в Швейцарию – и привезенный ими в Якутск вирус кластеризуется со швейцарскими.

4. Вирус был завезен в Россию не из Китая. Хотя примерно половина всех вариантов вируса в это время были в Китае, мы не видим ни одного завоза оттуда. Подавляющее большинство завозов были из европейских стран.

5. Приехав в Россию, вирус остался в России. Мы не видим никаких следов экспорта российских вариантов наружу (в те страны, откуда есть данные) – в отличие, например, от Великобритании, которая была и остается большим экспортером (не говоря уже об Италии, Испании и т.д., откуда европейская эпидемия начиналась). При этом почти сразу вирус начал циркулировать в России; мы видим внутрироссийскую передачу уже 11 марта.

Кроме общероссийской эпидемиологии, мы много возились с НИИ им. Вредена. Это неинфекционная больница в Санкт-Петербурге, где более 700 человек было заперто на месяц под карантином, из них более 400 переболело. Беглов (губернатор Петербурга) говорил, что больницу заразил некий сотрудник, вернувшийся из Турции. Из Вредена у нас несколько десятков образцов. Мы видим, что:

6. Вирус попал туда не один раз, а два, три или даже четыре. Каждый из этих завозов дал свою собственную малую вспышку в рамках общей большой вспышки.

7. В начале вирус быстро распространялся (Rt~3.7); распространение замедлилось (Rt~1.4) только после того, как отделения были изолированы друг от друга, а большая доля медиков и пациентов переболела.

8. Похоже, что, несмотря на карантин, из НИИ Вредена вирус распространился по Санкт-Петербургу. Мы видим людей, не имевших к этому институту прямого отношения, которые болели именно вреденскими вариантами вируса".

Некоторые мысли

Геномная эпидемиология будет становиться мощнее с каждой неделей: вирус накапливает изменчивость, и различать разные варианты становится легче.

Больше новостей на нашем Telegram канале: @ns_uz